Pada Liga 1 2024/25, prestasi Borneo FC Samarinda menurun dibanding musim sebelumnya. Tim kebanggaan Kota Samarinda itu menyudahi kompetisi dengan finis di urutan lima klasemen.
Padahal Borneo FC memulai musim 2024/25 dengan disebut-sebut sebagai tim penantang serius dengan status juara Regular Series BRI Liga 1 2023/24.