Meski demikian, format kompetisi tak mengalami banyak perubahan dari musim lalu. Liga 2 2024/2025 akan diikuti sebanyak 26 klub.
Jumlah tim tersebut dibagi menjadi tiga grup. Grup 1 diisi 9 tim, Grup 2 diikuti 9 tim, dan Grup 3 diisi 8 tim.
Tiga klub teratas di Grup 1 dan Grup 2 akan melaju ke babak 8 besar. Sementara Grup 3 hanya dua klub yang lolos ke babak 8 besar.
Baca Juga: Begini Cara Dapatkan 7 Ribu Tiket Gratis Pembukaan PON XXI Aceh-Sumut 2024
Pada babak 8 besar, akan dibagi menjadi 2 Grup dengan format tandang-kandang. Dua tim teratas dari masing-masing grup akan melaju ke babak 4 besar dan merebutkan 3 tiket promosi ke Liga 1.
Adapun 18 tim bakal melakoni laga play-off degradasi dengan dibagi menjadi 3 grup. Nantinya, 3 tim terbawah dari masing-masing grup akan terdegradasi ke Liga 3.